院牧室延續三育創校理念，強調「靈、智、體」「三育」中的「靈性教育」，讓學生明瞭本會對聖經的信仰，通過師生一起切磋學問和互動，師長能更多照顧學生靈命，幫助學生按照基督教信仰的倫理原則及價值觀作人生的決定，並藉基督教的人生觀學習與關心社會及服務人群的精神。